追記。

プラグインのアンインストールで残っちゃうのはEclipse-3.7でも同じだった。

Linuxの場合は ~/.eclipse/org.eclipse.platform_{バージョン番号}/plugins/ 配下にインストールされてるのでややこしい。

Eclipse plugin はバージョン番号に qualifier を付けると日付に置き換えてくれる機能があって これを使えばアンインストールしなくても更新されるって事らしい。

初期状態で付いてたのを意味が分からなかったんで削除してた orz